Inspektor se může setkat s mnoha problematickými situacemi při prokazování porušení zákona v oblasti rovného zacházení a zákazu diskriminace. Jednou z nich je skutečnost, že na rozdíl od jiných kontrol prováděných orgány inspekce práce zde většinou chybí listinné důkazy a často je k dispozici pouze výpověď osoby, která diskriminaci či šikanu oznamuje.
Inspektor pak vyžaduje písemné vyjádření zaměstnavatele, případně doložení listinných dokladů (pokud existují) a také využívá možnosti dotazovat se zaměstnanců bez přítomnosti dalších osob za účelem zjištění skutečného stavu věci. Přitom je třeba, aby inspektor postupoval citlivě a navodil atmosféru klidu a důvěry mezi ním a dotazovaným zaměstnancem.
Přesto se však většinou setkává se strachem a mlčením. Zaměstnanci pouze v ojedinělých případech podpisem potvrdí, že k šikaně na pracovišti dochází, protože se obávají zveřejnění svých výpovědí, a to i přesto, že byli inspektorem předem ujištěni o jeho zákonné povinnosti zachovat mlčenlivost. Velkou roli zde hraje strach ze ztráty zaměstnání nebo jiné negativní reakce ze strany zaměstnavatele. Dochází proto k velmi složité důkazní situaci, ve které se mnohdy nepodaří toto jednání prokázat do té míry, aby mohlo být se zaměstnavatelem zahájeno správní řízení o uložení sankce. Snadnějšímu prokazování nezákonného jednání pomůže, když ten, kdo se cítí být šikanován, shromáždí co nejvíce podkladů, kterými mohou být výpovědi svědků, kolegů, mailová komunikace či interní nařízení adresovaná zaměstnanci za účelem plnění například dehonestujících úkolů. Je ovšem rovněž vhodné zmínit, že týká-li se diskriminace oblasti odměňování, je to zaměstnavatel, kdo je povinen kontrolnímu orgánu nerovné zacházení nejen vysvětlit, ale svá tvrzení v tomto směru i náležitě doložit.
Jiným problémem, s nímž se inspektor při kontrolách na úseku diskriminace a nerovného zacházení musí ve zvýšené míře vyrovnávat, jsou zjitřené emoce. Kontrolní činnost vždy přináší určitý konflikt a není tedy překvapivé, že kontrola, která se dotýká tak citlivé oblasti jako jsou mezilidské vztahy a soukromí, je v tomto směru ještě vypjatější. Od inspektora je někdy očekávána role rozhodčího, která mu však nepřísluší. Na jedné straně stojí zaměstnanec, který se cítí šikanován, ale nemůže to třeba dostatečně prokázat. Druhou stranu představuje zaměstnavatel či jeho vedoucí zaměstnanec, který je z protiprávního jednání podezřelý.
Potenciální výbušnost takové kontroly dobře ilustruje nepříjemná zkušenost inspektorky. Po kontrole, při které bylo zjištěno nerovné zacházení, zaměstnavatel zveřejnil protokol o kontrole a odpovědného vedoucího pracovníka přeřadil na místo řadového zaměstnance. Ten se rozhodl vzniklou situaci řešit žalobou na inspektorku, která byla za jeho kariérní sestup dle jeho názoru odpovědná. Žaloba nebyla a ani nemohla být úspěšná, protože provádění kontroly není soukromoprávní jednání, inspektor při ní vystupuje jako zástupce veřejné moci. Z popsané události je patrné, že kontroly diskriminace patří pro inspektory k těm náročnějším.
Obrana proti šikaně a diskriminaci na pracovišti je často záležitostí osobní odvahy zaměstnance vystoupit proti agresi asertivním chováním a získání podpory u svých kolegů. Poškozený zaměstnanec se v této věci může obrátit s podnětem ke kontrole na oblastní inspektorát práce, na odborovou organizaci nebo na samotného zaměstnavatele. Nezávisle na výsledku kontroly se může každý, kdo má za to, že u něho došlo ze strany zaměstnavatele k porušení práv týkajících se rovného zacházení a zákazu diskriminace, u soudu domáhat, aby bylo upuštěno od diskriminačního jednání, byly odstraněny jeho následky a aby mu bylo dáno přiměřeného zadostiučinění. Soud má v této souvislosti jiné pravomoci než orgány inspekce práce. Ty totiž nedisponují oprávněními, která by jim umožňovala vymáhat individuální nároky jednotlivých zaměstnanců.